Evaluation of HIV reservoir in specific populations: people with a multi-drug resistant virus or a viral coinfection

Obiettivo dello studio è stato quello di caratterizzare i provirus intatti e difettivi come misura per quantificare il reservoir di HIV in popolazioni specifiche in soppressione virologica in terapia antiretrovirale: persone con un virus multiresistente ai farmaci (MDR), che difficilmente raggiungono e mantengono la viremia al di sotto del limite di rilevamento, e persone con coinfezioni virali (HCV, EBV e HPV) con o senza neoplasie correlate ad oncovirus. Nelle persone con coinfezioni, volevamo anche identificare le cellule T CD4 antigene-specifiche contenenti provirus che conservavano la capacità di replicare. In primo luogo, abbiamo valutato 35 persone che vivono con HIV (PLWH): 14 (13 M; 1 F) con un virus MDR e 21 (19 M; 2 F) senza mutazioni di resistenza ai farmaci. L'età mediana era rispettivamente di 57 (54-62) e 48 (40-52) anni (p=0.008). Non sono emerse differenze nella quantificazione del reservoir di HIV e dei provirus difettivi: il DNA intatto di HIV era di 11.9 (0-46.5) e 16.7 (0-127.0) copie/106 cellule T CD4 tra le persone con e senza infezione MDR, mentre i provirus deleti al 5' erano 167. 6 (63.2-796.6) e 202.9 (86.9-410.7) copie/106 cellule T CD4, mentre i provirus deleti al 3' erano rispettivamente 278.1 (67.0-615.1) e 419.5 (27.4-674.4) copie/106 cellule T CD4. Abbiamo inoltre arruolato 17 PLWH con coinfezioni (8 con HCV, 4 con linfoma EBV-correlato e 5 con tumori HPV-correlati) e 11 PLWH senza coinfezioni e tumori causati da oncovirus. L'età mediana era di 48.8 (40.7-52.0) nelle PLWH con coinfezioni e di 43.3 (40.6-50.4) nelle PLWH senza coinfezioni (p=0.288), il 93% erano maschi. Il valore mediano del DNA intatto dell'HIV era di 62.1 (14.5-138.3) e 43.7 (7.5-134.8) copie/106 cellule T CD4 tra le persone con e senza coinfezioni virali/neoplasie causate da virus, mentre i provirus deleti al 5' erano 243.9 (86.9-652.9) e 257.9 (116.3-401.2) copie/106 cellule T CD4 e i provirus deleti al 3' 299.4 (95.5-535.9) e 521.4 (20.6-677.8) copie/106 cellule T CD4, rispettivamente. Per valutare la presenza di quasi-specie virali di HIV da cellule T CD4 specifiche per HCV, EBV e HPV, abbiamo testato diverse condizioni di coltura per valutare la risposta delle cellule T in vitro in PLWH con una coinfezione al fine poi di valutarne la presenza e l'espansione di cellule T CD4 specifiche per il virus. Anche se le analisi sono ancora in corso, possiamo osservare che non c'è differenza nella quantificazione dei provirus intatti tra le popolazioni in studio e i gruppi di controllo. Ulteriori studi che faremo saranno volti a stimare la frequenza dei cloni di cellule T antigene-specifici che ospitano un virus che ha capacità replicativa e ad individuare cloni HIV-specifici nel tessuto tumorale.

Aim of the study was to characterize intact and defective proviruses as a measure to quantify HIV reservoir in specific populations on virological suppression under ART: people with a multi-drug resistance (MDR) virus, who hardly achieve and maintain viremia below detection limit, and people with viral coinfections (HCV, EBV and HPV) with or without virus-driven malignancies. In people with coinfections, we also wanted to identify antigen-specific CD4 T cells containing replication-competent proviruses. Firstly, we evaluated 35 people living with HIV (PLWH): 14 (13 M; 1 F) with a MDR virus and 21 (19 M; 2 F) without any drug resistance mutations. Median age was 57 (54-62) and 48 (40-52) years, respectively (p=0.008). No differences emerged in the quantification of both HIV reservoir and defective proviruses: intact HIV DNA was 11.9 (0-46.5) and 16.7 (0-127.0) copies/106 CD4 T cells among people with and without MDR infection, while 5’ deleted proviruses were 167.6 (63.2-796.6) and 202.9 (86.9-410.7) copies/106 CD4 T cells and 3’ deleted proviruses 278.1 (67.0-615.1) and 419.5 (27.4-674.4) copies/106 CD4 T cells, respectively. We also enrolled 17 PLWH with coinfections (8 with HCV, 4 with EBV-driven lymphoma and 5 with HPV-driven cancers), and 11 PLWH without any coinfections and virus-driven malignancy. Median age was 48.8 (40.7-52.0) in PLWH with coinfections and 43.3 (40.6-50.4) in PLWH without coinfections (p=0.288), 93% were male. Median value of intact HIV DNA was 62.1 (14.5-138.3) and 43.7 (7.5-134.8) copies/106 CD4 T cells among people with and without a viral coinfections/virus-driven malignancy, while 5’ deleted proviruses were 243.9 (86.9-652.0) and 257.9 (116.3-401.2) copies/106 CD4 T cells and 3’ deleted proviruses 299.4 (95.5-535.9) and 521.4 (20.6-677.8) copies/106 CD4 T cells, respectively. To assess the presence of HIV quasi-species from HCV-, EBV-, HPV- specific CD4 T cells, we tested different culture conditions to evaluate T cells response in vitro in PLWH with a coinfection and then for the detection and expansion of viral-specific CD4 T cells. Even though analyses are still ongoing, we can observe that there is no difference in the quantification of intact proviruses between study populations and control groups. Further steps will estimate the frequency of antigen-specific T cell clones harboring a replication-competent virus and will detect HIV-specific clones in tumor tissue.