Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
IRIS
Background: We previously reported that impaired type I IFN activity, due to inborn errors of TLR3- and TLR7-dependent type I interferon (IFN) immunity or to autoantibodies against type I IFN, account for 15–20% of cases of life-threatening COVID-19 in unvaccinated patients. Therefore, the determinants of life-threatening COVID-19 remain to be identified in ~ 80% of cases. Methods: We report here a genome-wide rare variant burden association analysis in 3269 unvaccinated patients with life-threatening COVID-19, and 1373 unvaccinated SARS-CoV-2-infected individuals without pneumonia. Among the 928 patients tested for autoantibodies against type I IFN, a quarter (234) were positive and were excluded. Results: No gene reached genome-wide significance. Under a recessive model, the most significant gene with at-risk variants was TLR7, with an OR of 27.68 (95%CI 1.5–528.7, P = 1.1 × 10−4) for biochemically loss-of-function (bLOF) variants. We replicated the enrichment in rare predicted LOF (pLOF) variants at 13 influenza susceptibility loci involved in TLR3-dependent type I IFN immunity (OR = 3.70[95%CI 1.3–8.2], P = 2.1 × 10−4). This enrichment was further strengthened by (1) adding the recently reported TYK2 and TLR7 COVID-19 loci, particularly under a recessive model (OR = 19.65[95%CI 2.1–2635.4], P = 3.4 × 10−3), and (2) considering as pLOF branchpoint variants with potentially strong impacts on splicing among the 15 loci (OR = 4.40[9%CI 2.3–8.4], P = 7.7 × 10−8). Finally, the patients with pLOF/bLOF variants at these 15 loci were significantly younger (mean age [SD] = 43.3 [20.3] years) than the other patients (56.0 [17.3] years; P = 1.68 × 10−5). Conclusions: Rare variants of TLR3- and TLR7-dependent type I IFN immunity genes can underlie life-threatening COVID-19, particularly with recessive inheritance, in patients under 60 years old.
Rare predicted loss-of-function variants of type I IFN immunity genes are associated with life-threatening COVID-19 / Matuozzo, D., Talouarn, E., Marchal, A., Zhang, P., Manry, J., Seeleuthner, Y., Zhang, Y., Bolze, A., Chaldebas, M., Milisavljevic, B., Gervais, A., Bastard, P., Asano, T., Bizien, L., Barzaghi, F., Abolhassani, H., Abou Tayoun, A., Aiuti, A., Alavi Darazam, I., Allende, L.M., et al.. - In: GENOME MEDICINE. - ISSN 1756-994X. - 15:1(2023). [Epub ahead of print] [10.1186/s13073-023-01173-8]
Rare predicted loss-of-function variants of type I IFN immunity genes are associated with life-threatening COVID-19
Matuozzo D.;Talouarn E.;Marchal A.;Zhang P.;Manry J.;Seeleuthner Y.;Zhang Y.;Bolze A.;Chaldebas M.;Milisavljevic B.;Gervais A.;Bastard P.;Asano T.;Bizien L.;Barzaghi F.;Abolhassani H.;Abou Tayoun A.;Aiuti A.;Alavi Darazam I.;Allende L. M.;Alonso-Arias R.;Arias A. A.;Aytekin G.;Bergman P.;Bondesan S.;Bryceson Y. T.;Bustos I. G.;Cabrera-Marante O.;Carcel S.;Carrera P.;Casari G.;Chaibi K.;Colobran R.;Condino-Neto A.;Covill L. E.;Delmonte O. M.;El Zein L.;Flores C.;Gregersen P. K.;Gut M.;Haerynck F.;Halwani R.;Hancerli S.;Hammarstrom L.;Hatipoglu N.;Karbuz A.;Keles S.;Kyheng C.;Leon-Lopez R.;Franco J. L.;Mansouri D.;Martinez-Picado J.;Metin Akcan O.;Migeotte I.;Morange P. -E.;Morelle G.;Martin-Nalda A.;Novelli G.;Novelli A.;Ozcelik T.;Palabiyik F.;Pan-Hammarstrom Q.;de Diego R. P.;Planas-Serra L.;Pleguezuelo D. E.;Prando C.;Pujol A.;Reyes L. F.;Riviere J. G.;Rodriguez-Gallego C.;Rojas J.;Rovere-Querini P.;Schluter A.;Shahrooei M.;Sobh A.;Soler-Palacin P.;Tandjaoui-Lambiotte Y.;Tipu I.;Tresoldi C.;Troya J.;van de Beek D.;Zatz M.;Zawadzki P.;Al-Muhsen S. Z.;Alosaimi M. F.;Alsohime F. M.;Baris-Feldman H.;Butte M. J.;Constantinescu S. N.;Cooper M. A.;Dalgard C. L.;Fellay J.;Heath J. R.;Lau Y. -L.;Lifton R. P.;Maniatis T.;Mogensen T. H.;von Bernuth H.;Lermine A.;Vidaud M.;Boland A.;Deleuze J. -F.;Nussbaum R.;Kahn-Kirby A.;Mentre F.;Tubiana S.;Gorochov G.;Tubach F.;Hausfater P.;Al-Muhsen S.;Al-Mulla F.;Anderson M. S.;Andreakos E.;Arias A. A.;Feldman H. B.;Belot A.;Biggs C. M.;Bogunovic D.;Bondarenko A.;Bousfiha A. A.;Brodin P.;Bustamante C. D.;Chakravorty S.;Christodoulou J.;Desai M.;Drolet B. A.;Baghdadi J. E.;Espinosa-Padilla S.;Franco J. L.;Froidure A.;Hagin D.;Henrickson S. E.;Hsieh E. W. Y.;Husebye E.;Imai K.;Itan Y.;Jarvis E. D.;Karamitros T.;Kisand K.;Ku C. -L.;Ling Y.;Lucas C. L.;Marodi L.;Milner J. D.;Mironska K.;Morio T.;Ng L. F. P.;O'Farrelly C.;Okada S.;Planas A. M.;Quintana-Murci L.;Renia L.;Resnick I.;Rodriguez-Gallego C.;Sancho-Shimizu V.;Sediva A.;Seppanen M. R. J.;Shcherbina A.;Slaby O.;Snow A. L.;Soler-Palacin P.;Spaan A. N.;Tancevski I.;Tangye S. G.;Ramaswamy S.;Turvey S. E.;Uddin F.;Uddin M. J.;Vinh D. C.;Casanova J. -L.;Casanova J. -L.;Vacher Y.;Gysembergh-Houal A.;Demerville L.;Chachoua A.;Abad S.;Abassi R.;Abdellaoui A.;Abdelmalek A.;Abdoul H.;Abergel H.;Abeud F.;Abgrall S.;Abisror N.;Adechian M.;Aderdour N.;Admane H. F.;Adnet F.;Afritt S.;Agostini H.;Aguilar C.;Agut S.;Aiello T. F.;Kaci M. A.;Oufella H. A.;Ajeenthiravasan G.;Alauzy V.;Alby-Laurent F.;Allard L.;Alyanakian M. -A.;Borrero B. A.;Amam S.;Amrouche L.;Andronikof M.;Anglicheau D.;Anguel N.;Annane D.;Aounzou M.;Aparicio C.;Aratus G.;Arlet J. -B.;Arzoine J.;Aslangul E.;Assefi M.;Aubry A.;Audiffred L.;Audureau E.;Auger C. N.;Auregan J. -C.;Awotar C.;Milla S. A.;Azan D.;Azemar L.;Azzouguen B.;Elrufaai M. B.;Badsi A.;Bakouboula P.;Balcerowiak C.;Balde F.;Baldivia E.;Bangamingo E. -F.;Baptiste A.;Baran-Marszak F.;Barau C.;Barget N.;Baronnet F.;Barthelemy R.;Baudel J. -L.;Baudry C.;Baudry E.;Beaugerie L.;Belamri A.;Belaube N.;Belilita R.;Bellassen P.;Belmokhtar R.;Beltran I.;Benainous R.;Benallaoua M.;Benamouzig R.;Benbara A.;Benhida J.;Benkhelouf A.;Benlagha J.;Benmostafa C.;Benothmane S.;Bentifraouine M.;Berard L.;Bernier Q.;Berti E.;Bertier A.;Berton L.;Bessis S.;Beurton A.;Bianco C.;Bianquis C.;Bidar F.;Blanche P.;Blayau C.;Bleibtreu A.;Blin E.;Bloch-Queyrat C.;Boissier M. -C.;Bollens D.;Bolzoni M.;Bompard R.;Bonnet N.;Bonnouvrier J.;Botha S.;Boucenna W.;Bouchama F.;Bouchaud O.;Bouchghoul H.;Boudjebla T.;Boudjema N.;Bouffard C.;Bougle A.;Bouguerra M.;Bouras L.;Bourcier A.;Durand A. B.;Bourrier A.;Bouscarat F.;Bouvry D.;Bouziri N.;Bouzrara O.;Bribier S.;Brugier D.;Brunel M.;Bui E.;Buisson A.;Bukreyeva I.;Bureau C.;Cadranel J.;Cailhol J.;Calin R.;Vega C. C.;Canavaggio P.;Cancella M.;Cantin D.;Cao A.;Carbillon L.;Carlier N.;Cassard C.;Castor G.;Cauchy M.;Cha O.;Chaigne B.;Challal S.;Champion K.;Chariot P.;Chas J.;Chauveau S.;Chauvin A.;Chauvin C.;Chavarot N.;Chebbout K.;Cherai M.;Cherubini I.;Chevalier A.;Chiarabini T.;Chinet T.;Chocron R.;Choinier P.;Chommeloux J.;Choquet C.;Choupeaux L.;Chousterman B.;Ciocan D.;Clarke A.;Clavere G.;Clavier F.;Clement K.;Clerc S.;Cohen Y.;Cohen F.;Cohen A.;Coilly A.;Colboc H.;Colin P.;Collet M.;Comarmond C.;Combacon E.;Combes A.;Comparon C.;Constantin J. -M.;Cordel H.;Cordier A. -G.;Costantini A.;Chalumeau N. C.;Couffignal C.;Coupeau D.;Creange A.;Lamarre Y. C.;Da Silveira C.;Kayani S. D. G. E.;De Castro N.;De Rycke Y.;Del Pozo L.;Delannoy Q.;Delay M.;Deleris R.;Delforge J.;Delphine L.;Demare N.;Demeret S.;Demoule A.;Deniau A.;Depret F.;Derolez S.;Derradji O.;Derridj N.;Descamps V.;Deschamps L.;Desconclois C.;Desnos C.;Desongins K.;Dhote R.;Diallo B.;Didier M.;Diemer M.;Diez S.;Djadi-Prat J.;Monnory F. -Z. D.;Djebara S.;Djebra N.;Djietcheu M.;Djillali H.;Djouadi N.;Donneger S.;Dos Santos C.;Dournon N.;Dres M.;Droctove L.;Drogrey M.;Dropy M.;Drouet E.;Dubosq V.;Dubreucq E.;Dubus E.;Duchemann B.;Duchenoy T.;Dudoignon E.;Dufau R.;Dumas F.;Duran C.;Duron E.;Durrbach A.;Duvivier C.;Ebstein N.;Khalifa J. E.;Elabbadi A.;Elie C.;Ernotte G.;Esling A.;Etienne M.;Eyer X.;Fartoukh M.;Fayali T.;Fermaut M.;Fiorentino A.;Fliss S.;Fournier M. -C.;Fournier B.;Francois H.;Freynet O.;Frigout Y.;Fromont I.;Fuentes A.;Furet T.;Galand J.;Garnier M.;Gaubert A.;Gaudry S.;Gaugain S.;Gauthier D.;Gautier M.;Georgin-Lavialle S.;Geromin D.;Ghalayini M.;Ghaleh B.;Ghezal M.;Gibelin A.;Gimeno L.;Girard B.;Leprieur B. G.;Gomes D.;Gomes-Pires E.;Gouge A.;Gouja A.;Goulet H.;Goupil S.;De Bouille J. G.;Gras J.;Greffe S.;Grimaldi L.;Guedeney P.;Guidet B.;Guillo M.;Gulczynski M.;Hadjam T.;Haguenauer D.;Hammal S.;Hammoudi N.;Hanon O.;Harrois A.;Hautem C.;Hekimian G.;Heming N.;Hermine O.;Ho S.;Houllier M.;Huot B.;Huscenot T.;Saied W. I.;Ikherbane G.;Imarazene M.;Ingiliz P.;Iratni L.;Jaureguiberry S.;Jean-Marc J. -F.;Jeyarajasingham D.;Jouany P.;Jouis V.;Jourdaine C.;Kafif O.;Kallala R.;Katsahian S.;Kelesyan L.;Keo V.;Ketz F.;Khamis W.;Khelili E.;Khellaf M.;Youkou C. G. K.;Kounis I.;Kpalma G.;Krause J.;Labbe V.;Lacombe K.;Lacorte J. -M.;Lafont A. G.;Lafont E.;Lagha L.;Lamhaut L.;Lancelot A.;Landman C.;Lanternier F.;Larcheveque C.;Combe C. L.;Lassel L.;Laverdant B.;Lavergne C.;Lavillegrand J. -R.;Lazureanu P.;Le Guennec L.;Leberre L.;Leblanc C.;Leboyer M.;Lecomte F.;Lecorre M.;Leenhardt R.;Lefebvre M.;Lefebvre B.;Legendre P.;Leger A.;Legros L.;Legrosse J.;Lehuunghia S.;Lemarec J.;Leporrier-Ext J.;Lesein M.;Lesur H.;Levy V.;Levy A.;Lopes E.;Lopes A.;Lopez V.;Lopinto J.;Lortholary O.;Louadah B.;Loze B.;Lucas M. -L.;Lucasamichi A.;Luong L. B.;Magazimama-Ext A.;Maingret D.;Mameri L.;Manivet P.;Mansouri C.;Marcault E.;Marey J.;Marin N.;Marois C.;Martin O.;Martineau L.;Martinez-Lopez C.;Martyniuck P.;De Farcy P. M.;Marzouk N.;Masmoudi R.;Mebazaa A.;Mechai F.;Mecozzi F.;Mediouni C.;Megarbane B.;Meghadecha M.;Mejean E.;Mekinian A.;Abdelhadi N. M.;Mekni R.;Meliti T. S.;Lima B. M.;Meng P.;Merbah S.;Messani F.;Messaoudi Y.;Mewasing B. -I.;Meziane L.;Michelot-Burger C.;Mignot F.;Minka F. H.;Miyara M.;Moine P.;Molina J. -M.;Montegnies-Boulet A.;Monti A.;Montlahuc C.;Montout A. -L.;Moores A.;Morbieu C.;Mortelette H.;Mouly S.;Muzaffar R.;Nacerddine C. I.;Nadal M.;Nadif H.;Nassarmadji K.;Natella P.;Ndingamondze S.;Neraal S.;Nguyen C.;N'Guyen B.;Larmurier I. N.;Nlomenyengue L.;Noel N.;Nunes H.;Omar E.;Ouazene Z.;Ouedraogo E.;Ouelaa W.;Oukhedouma A.;Amara Y. O.;Oya H.;Oziel J.;Padilla T.;Paillaud E.;Paiva S.;Parfait B.;Parize P.;Parizot C.;Parrot A.;Pavot A.;Peaudecerf L.;Pene F.;Pepin M.;Pernet J.;Pernin C.;Petit M.;Peyrony O.;Pietri M. -P.;Pietri O.;De Chambrun M. P.;Pinson M.;Pintado C.;Pires C.;Planquette B.;Poirier S.;Pomel A. -L.;Pons S.;Ponscarme D.;Pourcelot A.;Pourcher V.;Pouvaret A.;Prever F.;Previlon M.;Prevost M.;Provoost M. -J.;Quemeneur C.;Rafat C.;Rami A.;Ranque B.;Raphael M.;Raphalen J. H.;Rastoin A.;Raux M.;Rebai A.;Reby M.;Regent A.;Regrag A.;Resche-Rigon M.;Ressaire Q.;Richard C.;Richard M.;Robert M.;Rohaut B.;Rolland-Debord C.;Ropers J.;Roque-Afonso A. -M.;Rosso C.;Rousseaux M.;Rousseaux N.;Roux S.;Roux L.;Rouzaud C.;Rozes A.;Rubenstein E.;Sabate J. -M.;Sabet S.;Sacleux S. -C.;Kermanach N. S.;Saliba F.;Salmon D.;Savale L.;Savary G.;Sberro R.;Scemla A.;Schlemmer F.;Schwartz M.;Sedfi S.;Sefir-Kribel S.;Seksik P.;Sellier P.;Selves A.;Sembach N.;Semerano L.;Senat M. -V.;Sene D.;Serris A.;Sese L.;Sghiouar N.;Sigaux J.;Siguier M.;Silvain J.;Simon N.;Simon T.;Skandri L. I.;Slimani M.;Snauwaert A.;Sokol H.;Soliman H.;Soltani N.;Soyer B.;Steg G.;Suarez L.;Szwebel T. -A.;Taffame K.;Tantet C.;Tateo M.;Theodose I.;Thiebaud P.;Thomas C.;Tiercelet K.;Tisserand J.;Tomczak C.;Torelino K.;Touam-Ext F.;Toumi L.;Toury G.;Toy-Miou M.;Lien O. T. D. T.;Trandinh A.;Treluyer J. -M.;Trinque B.;Truchot J.;Tunesi S.;Turpin M.;Turpin A.;Urbina T.;Narvaez R. U.;Uzunhan Y.;Vaittinadaayar P.;Valent A.;Valentian M.;Valin N.;Vallet H.;Vaz M.;Vazquezibarra M. -A.;Vedie B.;Velly L.;Verstuyft C.;Viallette C.;Vicaut E.;Vignes D.;Vimpere D.;Virlouvet M.;Voiriot G.;Voisot L.;Weiss E.;Weiss N.;Winchenne A.;Yordanov Y.;Zafrani L.;Zaidan M.;Zaidi W.;Zak C.;Zarhrate-Ghoul A.;Zatout O.;Zeino S.;Zeitouni M.;Zemirli N.;Zerah L.;Zia O.;Ziol M.;Zolario O.;Zuber J.;Andrejak C.;Angoulvant F.;Bachelet D.;Bartoli M.;Basmaci R.;Behilill S.;Beluze M.;Benkerrou D.;Bhavsar K.;Bouadma L.;Bouchez S.;Bouscambert M.;Cervantes-Gonzalez M.;Chair A.;Coelho A.;d'Ortenzio E.;Debray M. -P.;Deconinck L.;Deplanque D.;Descamps D.;Desvallee M.;Diallo A.;Diouf A.;Dorival C.;Dubos F.;Duval X.;Elharrar B.;Eloy P.;Enouf V.;Esperou H.;Esposito-Farese M.;Etienne M.;Devouge E. F.;Gault N.;Gaymard A.;Ghosn J.;Gigante T.;Gilg M.;Guedj J.;Hoctin A.;Hoffmann I.;Houas I.;Hulot J. -S.;Jaafoura S.;Kaguelidou F.;Kali S.;Khalil A.;Khan C.;Laouenan C.;Laribi S.;Le M.;Le Hingrat Q.;Le Mestre S.;Le Nagard H.;Lescure F. -X.;Levy Y.;Lingas G.;Lucet J. C.;Malvy D.;Mambert M.;Mentre F.;Meziane A.;Mouquet H.;Mullaert J.;Neant N.;Nguyen D.;Noret M.;Nseir S.;Papadopoulos A.;Paul C.;Peiffer-Smadja N.;Perpoint T.;Petrov-Sanchez V.;Peytavin G.;Pham H.;Picone O.;Puechal O.;Rabaud C.;Rosa-Calatrava M.;Rossignol B.;Rossignol P.;Roy C.;Schneider M.;Su R.;Tardivon C.;Tellier M. -C.;Teoule F.;Terrier O.;Timsit J. -F.;Tual C.;Van Der Werf S.;Vanel N.;Veislinger A.;Visseaux B.;Wiedemann A.;Yazdanpanah Y.;Alavoine L.;Behillil S.;Burdet C.;Charpentier C.;Dechanet A.;Ecobichon J. -L.;Frezouls W.;Houhou N.;Lehacaut J.;Letrou S.;Lina B.;Manchon P.;Nouroudine M.;Piquard V.;Quintin C.;Thy M.;Vignali V.;Chahine A.;Waucquier N.;Migaud M. -C.;Djossou F.;Mergeay-Fabre M.;Lucarelli A.;Demar M.;Bruneau L.;Gerardin P.;Maillot A.;Payet C.;Laviolle B.;Laine F.;Paris C.;Desille-Dugast M.;Fouchard J.;Pistone T.;Perreau P.;Gissot V.;Goas C. L. E.;Montagne S.;Richard L.;Chirouze C.;Bouiller K.;Desmarets M.;Meunier A.;Bourgeon M.;Lefevre B.;Jeulin H.;Legrand K.;Lomazzi S.;Tardy B.;Gagneux-Brunon A.;Bertholon F.;Botelho-Nevers E.;Christelle K.;Nicolas L.;Roufai L.;Amat K.;Couffin-Cadiergues S.;Esperou H.;Hendou S.;Foti G.;Bellani G.;Citerio G.;Contro E.;Pesci A.;Valsecchi M. G.;Cazzaniga M.;Abad J.;Accordino G.;Achille C.;Aguilera-Albesa S.;Aguilo-Cucurull A.;Ozkan E. A.;Albisures J. A. R.;Aldave J. C.;Ramos M. A.;Khan T. A.;Aliberti A.;Nadji S. A.;Alkan G.;AlKhater S. A.;Allardet-Servent J.;Alshahrani M. S.;Alsina L.;Amoura Z.;Antoli A.;Arrestier R.;Aubart M.;Auguet T.;Avramenko I.;Aytekin G.;Azot A.;Bahram S.;Bajolle F.;Baldanti F.;Baldolli A.;Ballester M.;Barrou B.;Basso S.;Bayhan G. I.;Bezrodnik L.;Bilbao A.;Blanchard-Rohner G.;Blanco I.;Blandinieres A.;Blazquez-Gamero D.;Bloomfield M.;Bolivar-Prados M.;Borghesi A.;Borie R.;Botdhlo-Nevers E.;Bousquet A.;Boutolleau D.;Bouvattier C.;Boyarchuk O.;Bravais J.;Briones M. L.;Brunner M. -E.;Bruno R.;Bueno M. R. P.;Bukhari H.;Bustamante J.;Agra J. J. C.;Capra R.;Carapito R.;Carrabba M.;Casasnovas C.;Caseris M.;Cassaniti I.;Castelle M.;Castelli F.;de Vera M. C.;Castro M. V.;Catherinot E.;Celik J. B.;Ceschi A.;Chalumeau M.;Charbit B.;Cheng M. P.;Clave P.;Clotet B.;Codina A.;Comoli P.;Corsico A. G.;Sozeri B.;Coskuner T.;Cvetkovski A.;Cyrus C.;Dalmau D.;Danion F.;Darley D. R.;Das V.;Dauby N.;Dauger S.;De Munter P.;de Pontual L.;Dehban A.;Delplancq G.;Desguerre I.;Di Sabatino A.;Diehl J. -L.;Dobbelaere S.;Dominguez-Garrido E.;Dubost C.;Ekwall O.;Bozdemir S. E.;Elnagdy M. H.;Emiroglu M.;Endo A.;Erdeniz E. H.;Aytekin S. E.;Lasa M. P. E.;Euvrard R.;Fabio G.;Faivre L.;Falck A.;Fartoukh M.;Faure M.;Arquero M. F.;Ferrer R.;Ferreres J.;Francois B.;Fumado V.;Fung K. S. C.;Fusco F.;Gagro A.;Solis B. G.;Garcon P.;Gaussem P.;Gayretli Z.;Gil-Herrera J.;Gilardin L.;Gatineau A. G.;Girona-Alarcon M.;Godinez K. A. C.;Goffard J. -C.;Gonzales N.;Gonzalez-Granado L. I.;Gonzalez-Montelongo R.;Guerder A.;Gulhan B.;Gumucio V. D.;Hanitsch L. G.;Gunst J.;Hadjadj J.;Hariyan T.;Hatipoglu N.;Heppekcan D.;Hernandez-Brito E.;Ho P. -K.;Holanda-Pena M. S.;Horcajada J. P.;Hraiech S.;Humbert L.;Hung I. F. N.;Iglesias A. D.;Inigo-Campos A.;Jamme M.;Arranz M. J.;Jimeno M. -T.;Jordan I.;Yuksek S. K.;Kara Y. B.;Karahan A.;Yasar K. K.;Kasapcopur O.;Kashimada K.;Demirkol Y. K.;Kido Y.;Kizil C.;Kilic A. O.;Klocperk A.;Koutsoukou A.;Krol Z. J.;Ksouri H.;Kuentz P.;Kwan A. M. C.;Kwan Y. W. M.;Kwok J. S. Y.;Lagier J. -C.;Lam D. S. Y.;Lampropoulou V.;Le Bourgeois F.;Leo Y. -S.;Leung D.;Levin M.;Levy M.;Levy R.;Li Z.;Lilleri D.;Lima E. J. A. B.;Linglart A.;Lopez-Collazo E.;Lorenzo-Salazar J. M.;Louapre C.;Lubetzki C.;Lung K. -C.;Luyt C. -E.;Lye D. C.;Magnone C.;Marchioni E.;Marioli C.;Marjani M.;Marques L.;Pereira J. M.;Martin-Nalda A.;Pueyo D. M.;Marzana I.;Mata-Martinez C.;Mathian A.;Matos L. R. B.;Matthews G. V.;Mayaux J.;McLaughlin-Garcia R.;Meersseman P.;Mege J. -L.;Mekontso-Dessap A.;Melki I.;Meloni F.;Meritet J. -F.;Merlani P.;Akcan O. M.;Mezidi M.;Millereux M.;Million M.;Mirault T.;Mircher C.;Mirsaeidi M.;Mizoguchi Y.;Modi B. P.;Mojoli F.;Moncomble E.;Melian A. M.;Martinez A. M.;Morandeira F.;Mordacq C.;Mouly S. J.;Munoz-Barrera A.;Nafati C.;Nagashima S.;Nakagama Y.;Neven B.;Neves J. F.;Ng Y. -Y.;Nielly H.;Medina Y. N.;Cuadros E. N.;Ocejo-Vinyals J. G.;Okamoto K.;Oualha M.;Ouedrani A.;Ozcelik T.;Ozkaya-Parlakay A.;Pagani M.;Papadaki M.;Parola P.;Pascreau T.;Paul S.;Paz-Artal E.;Pedraza S.;Pellecer N. C. G.;Pellegrini S.;Perez-Fernandez X. L.;Philippe A.;Philippot Q.;Picod A.;Piralla A.;Ploin D.;Poissy J.;Poncelet G.;Poulakou G.;Pouletty M. S.;Pourshahnazari P.;Qiu-Chen J. L.;Quentric P.;Rambaud T.;Raoult D.;Raoult V.;Rebillat A. -S.;Redin C.;Resmini L.;Ricart P.;Richard J. -C.;Rigo-Bonnin R.;rivet N.;Rocamora-Blanch G.;Rodero M. P.;Rodrigo C.;Rodriguez L. A.;Rodriguez-Palmero A.;Romero C. S.;Rothenbuhler A.;Roux D.;Rovina N.;Rozenberg F.;Ruch Y.;Ruiz M.;del Prado M. Y. R.;Ruiz-Rodriguez J. C.;Sabater-Riera J.;Saks K.;Salagianni M.;Sanchez O.;Sanchez-Montalva A.;Sanchez-Ramon S.;Schidlowski L.;Schluter A.;Schmidt J.;Schmidt M.;Schuetz C.;Schweitzer C. E.;Scolari F.;Seijo L.;Seminario A. G.;Seng P.;Senoglu S.;Seppanen M.;Llovich A. S.;Siguret V.;Siouti E.;Smadja D. M.;Smith N.;Solanich X.;Sole-Violan J.;Soler C.;Sozeri B.;Stella G. M.;Stepanovskiy Y.;Stoclin A.;Taccone F.;Taupin J. -L.;Tavernier S. J.;Tello L. V.;Terrier B.;Thiery G.;Thorball C.;Thorn K.;Thumerelle C.;Tolstrup M.;Tomasoni G.;Toubiana J.;Alvarez J. T.;Triantafyllia V.;Trouillet-Assant S.;Troya J.;Tsang O. T. Y.;Tserel L.;Tso E. Y. K.;Tucci A.;Oz S. K. T.;Ursini M. V.;Utsumi T.;Vabres P.;Valencia-Ramos J.;Van Den Rym A. M.;Vandernoot I.;Velez-Santamaria V.;Veliz S. P. Z.;Vidigal M. C.;Viel S.;Villain C.;Vilaire-Meunier M. E.;Villar-Garcia J.;Vincent A.;Volokha A.;Vuotto F.;Wauters E.;Wauters J.;Wu A. K. L.;Wu T. -C.;Yahsi A.;Yesilbas O.;Yildiz M.;Young B. E.;Yukselmis U.;Zecca M.;Zuccaro V.;Van Praet J.;Lambrecht B. N.;Van Braeckel E.;Bosteels C.;Hoste L.;Hoste E.;Bauters F.;De Clercq J.;Heijmans C.;Slabbynck H.;Naesens L.;Florkin B.;Boulanger C.;Vanderlinden D.;Berkell M.;Carelli V.;Fiorentino A.;Malhotra S.;Mattiaccio A.;Pippucci T.;Seri M.;Tacconelli E.;van Agtmael M.;Algera A. G.;Appelman B.;van Baarle F.;Bax D.;Beudel M.;Bogaard H. J.;Bomers M.;Bonta P.;Bos L.;Botta M.;de Brabander J.;de Bree G.;de Bruin S.;Buis D. T. P.;Bugiani M.;Bulle E.;Cloherty O. C. A.;Dijkstra M.;Dongelmans D. A.;Dujardin R. W. G.;Elbers P.;Fleuren L.;Geijtenbeek S. G. T.;Girbes A.;Goorhuis B.;Grobusch M. P.;Hafkamp F.;Hagens L.;Hamann J.;Harris V.;Hemke R.;Heunks S. M. H. L.;Hollmann M.;Horn J.;Hovius J. W.;de Jong M. D.;Koning R.;Lim E. H. T.;van Mourik N.;Nellen J.;Nossent E. J.;Paulus F.;Peters E.;Pina-Fuentes D. A. I.;van der Poll T.;Preckel B.;Prins J. M.;Raasveld J.;Reijnders T.;de Rotte M. C. F. J.;Schinkel M.;Schultz M. J.;Schrauwen F. A. P.;Schuurmans A.;Schuurmans J.;Sigaloff K.;Slim M. A.;Smeele P.;Smit M.;Stijnis C. S.;Stilma W.;Teunissen C.;Thoral P.;Tsonas A. M.;Tuinman P. R.;van der Valk M.;Veelo D.;Volleman C.;de Vries H.;Vught L. A.;van Vugt M.;Wouters D.;Zwinderman A. H.;Brouwer M. C.;Wiersinga W. J.;Vlaar A. P. J.;Tompkins M. F.;Alba C.;Hupalo D. N.;Rosenberger J.;Sukumar G.;Wilkerson M. D.;Zhang X.;Lack J.;Oler A. J.;Dobbs K.;Danielson J. J.;Biondi A.;Bettini L. R.;D'Angio' M.;Beretta I.;Imberti L.;Sottini A.;Quaresima V.;Quiros-Roldan E.;Rossi C.;Meyts I.;Zhang S. -Y.;Puel A.;Notarangelo L. D.;Boisson-Dupuis S.;Su H. C.;Boisson B.;Jouanguy E.;Zhang Q.;Abel L.;Cobat A.
2023-01-01
Abstract
Background: We previously reported that impaired type I IFN activity, due to inborn errors of TLR3- and TLR7-dependent type I interferon (IFN) immunity or to autoantibodies against type I IFN, account for 15–20% of cases of life-threatening COVID-19 in unvaccinated patients. Therefore, the determinants of life-threatening COVID-19 remain to be identified in ~ 80% of cases. Methods: We report here a genome-wide rare variant burden association analysis in 3269 unvaccinated patients with life-threatening COVID-19, and 1373 unvaccinated SARS-CoV-2-infected individuals without pneumonia. Among the 928 patients tested for autoantibodies against type I IFN, a quarter (234) were positive and were excluded. Results: No gene reached genome-wide significance. Under a recessive model, the most significant gene with at-risk variants was TLR7, with an OR of 27.68 (95%CI 1.5–528.7, P = 1.1 × 10−4) for biochemically loss-of-function (bLOF) variants. We replicated the enrichment in rare predicted LOF (pLOF) variants at 13 influenza susceptibility loci involved in TLR3-dependent type I IFN immunity (OR = 3.70[95%CI 1.3–8.2], P = 2.1 × 10−4). This enrichment was further strengthened by (1) adding the recently reported TYK2 and TLR7 COVID-19 loci, particularly under a recessive model (OR = 19.65[95%CI 2.1–2635.4], P = 3.4 × 10−3), and (2) considering as pLOF branchpoint variants with potentially strong impacts on splicing among the 15 loci (OR = 4.40[9%CI 2.3–8.4], P = 7.7 × 10−8). Finally, the patients with pLOF/bLOF variants at these 15 loci were significantly younger (mean age [SD] = 43.3 [20.3] years) than the other patients (56.0 [17.3] years; P = 1.68 × 10−5). Conclusions: Rare variants of TLR3- and TLR7-dependent type I IFN immunity genes can underlie life-threatening COVID-19, particularly with recessive inheritance, in patients under 60 years old.
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/20.500.11768/146716
Citazioni
56
59
55
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
