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Genome-wide association studies of the related chronic inflammatory bowel diseases (IBD) known as Crohn's disease and ulcerative colitis have shown strong evidence of association to the major histocompatibility complex (MHC). This region encodes a large number of immunological candidates, including the antigen-presenting classical human leukocyte antigen (HLA) molecules. Studies in IBD have indicated that multiple independent associations exist at HLA and non-HLA genes, but they have lacked the statistical power to define the architecture of association and causal alleles. To address this, we performed high-density SNP typing of the MHC in >32,000 individuals with IBD, implicating multiple HLA alleles, with a primary role for HLA-DRB1∗01:03 in both Crohn's disease and ulcerative colitis. Noteworthy differences were observed between these diseases, including a predominant role for class II HLA variants and heterozygous advantage observed in ulcerative colitis, suggesting an important role of the adaptive immune response in the colonic environment in the pathogenesis of IBD.
High-density mapping of the MHC identifies a shared role for HLA-DRB1∗01:03 in inflammatory bowel diseases and heterozygous advantage in ulcerative colitis / Goyette, P.; Boucher, G.; Mallon, D.; Ellinghaus, E.; Jostins, L.; Huang, H.; Ripke, S.; Gusareva, E. S.; Annese, V.; Hauser, S. L.; Oksenberg, J. R.; Thomsen, I.; Leslie, S.; Daly, M. J.; Van Steen, K.; Duerr, R. H.; Barrett, J. C.; Mcgovern, D. P. B.; Schumm, L. P.; Traherne, J. A.; Carrington, M. N.; Kosmoliaptsis, V.; Karlsen, T. H.; Franke, A.; Rioux, J. D.; Abraham, C.; Achkar, J. -P.; Ahmad, T.; Amininejad, L.; Ananthakrishnan, A. N.; Andersen, V.; Anderson, C. A.; Andrews, J. M.; Aumais, G.; Baidoo, L.; Baldassano, R. N.; Balschun, T.; Bampton, P. A.; Barclay, M.; Bayless, T. M.; Bethge, J.; Bis, J. C.; Bitton, A.; Brand, S.; Brant, S. R.; Buning, C.; Chew, A.; Cho, J. H.; Cleynen, I.; Cohain, A.; Croft, A.; D'Amato, M.; Danese, S.; De Jong, D.; De Vos, M.; Denapiene, G.; Denson, L. A.; Devaney, K. L.; Dewit, O.; D'Inca, R.; Dubinsky, M.; Edwards, C.; Ellinghaus, D.; Essers, J.; Ferguson, L. R.; Festen, E. A.; Fleshner, P.; Florin, T.; Franchimont, D.; Fransen, K.; Gearry, R.; Georges, M.; Gieger, C.; Glas, J.; Green, T.; Griffiths, A. M.; Guthery, S. L.; Hakonarson, H.; Halfvarson, J.; Hanigan, K.; Haritunians, T.; Hart, A.; Hawkey, C.; Hayward, N. K.; Hedl, M.; Henderson, P.; Hu, X.; Hui, K. Y.; Imielinski, M.; Ippoliti, A.; Jonaitis, L.; Kennedy, N. A.; Khan, M. A.; Kiudelis, G.; Kugathasan, S.; Kupcinskas, L.; Latiano, A.; Laukens, D.; Lawrance, I. C.; Lee, J. C.; Lees, C. W.; Leja, M.; Van Limbergen, J.; Lionetti, P.; Liu, J. Z.; Louis, E.; Mahy, G.; Mansfield, J.; Massey, D.; Mathew, C. G.; Milgrom, R.; Mitrovic, M.; Montgomery, G.; Mowat, C.; Newman, W.; Ng, A.; Ng, S. C.; Evelyn Ng, S. M.; Nikolaus, S.; Ning, K.; Nothen, M.; Oikonomou, I.; Palmieri, O.; Parkes, M.; Phillips, A.; Ponsioen, C. Y.; Potocnik, U.; Prescott, N. J.; Proctor, D. D.; Radford-Smith, G.; Rahier, J. -F.; Raychaudhur, S.; Regueiro, M.; Rieder, F.; Roberts, R.; Russell, R. K.; Sanderson, J. D.; Sans, M.; Satsangi, J.; Schadt, E. E.; Schreiber, S.; Schumm, L. P.; Scott, R.; Seielstad, M.; Sharma, Y.; Silverberg, M. S.; Simms, L. A.; Skieceviciene, J.; Spain, S. L.; Steinhart, A. H.; Stempak, J. M.; Stronati, L.; Sventoraityte, J.; Targan, S. R.; Taylor, K. M.; Ter Velde, A.; Theatre, E.; Torkvist, L.; Tremelling, M.; Van Der Meulen, A.; Van Sommeren, S.; Vasiliauskas, E.; Vermeire, S.; Verspaget, H. W.; Walters, T.; Wwang, K.; Wwang, M. -H.; Wweersma, R. K.; Wei, Z.; Whiteman, D.; Wijmenga, C.; Wilson, D. C.; Winkelmann, J.; Xavier, R. J.; Zeissig, S.; Zhang, B.; Zhang, C. K.; Zhang, H.; Zhang, W.; Zhao, H.; Zhao, Z. Z.. - In: NATURE GENETICS. - ISSN 1061-4036. - 47:2(2015), pp. 172-179. [10.1038/ng.3176]
High-density mapping of the MHC identifies a shared role for HLA-DRB1∗01:03 in inflammatory bowel diseases and heterozygous advantage in ulcerative colitis
Goyette P.;Boucher G.;Mallon D.;Ellinghaus E.;Jostins L.;Huang H.;Ripke S.;Gusareva E. S.;Annese V.;Hauser S. L.;Oksenberg J. R.;Thomsen I.;Leslie S.;Daly M. J.;Van Steen K.;Duerr R. H.;Barrett J. C.;McGovern D. P. B.;Schumm L. P.;Traherne J. A.;Carrington M. N.;Kosmoliaptsis V.;Karlsen T. H.;Franke A.;Rioux J. D.;Abraham C.;Achkar J. -P.;Ahmad T.;Amininejad L.;Ananthakrishnan A. N.;Andersen V.;Anderson C. A.;Andrews J. M.;Aumais G.;Baidoo L.;Baldassano R. N.;Balschun T.;Bampton P. A.;Barclay M.;Bayless T. M.;Bethge J.;Bis J. C.;Bitton A.;Brand S.;Brant S. R.;Buning C.;Chew A.;Cho J. H.;Cleynen I.;Cohain A.;Croft A.;D'Amato M.;Danese S.;De Jong D.;De Vos M.;Denapiene G.;Denson L. A.;Devaney K. L.;Dewit O.;D'Inca R.;Dubinsky M.;Edwards C.;Ellinghaus D.;Essers J.;Ferguson L. R.;Festen E. A.;Fleshner P.;Florin T.;Franchimont D.;Fransen K.;Gearry R.;Georges M.;Gieger C.;Glas J.;Green T.;Griffiths A. M.;Guthery S. L.;Hakonarson H.;Halfvarson J.;Hanigan K.;Haritunians T.;Hart A.;Hawkey C.;Hayward N. K.;Hedl M.;Henderson P.;Hu X.;Hui K. Y.;Imielinski M.;Ippoliti A.;Jonaitis L.;Kennedy N. A.;Khan M. A.;Kiudelis G.;Kugathasan S.;Kupcinskas L.;Latiano A.;Laukens D.;Lawrance I. C.;Lee J. C.;Lees C. W.;Leja M.;Van Limbergen J.;Lionetti P.;Liu J. Z.;Louis E.;Mahy G.;Mansfield J.;Massey D.;Mathew C. G.;Milgrom R.;Mitrovic M.;Montgomery G.;Mowat C.;Newman W.;Ng A.;Ng S. C.;Evelyn Ng S. M.;Nikolaus S.;Ning K.;Nothen M.;Oikonomou I.;Palmieri O.;Parkes M.;Phillips A.;Ponsioen C. Y.;Potocnik U.;Prescott N. J.;Proctor D. D.;Radford-Smith G.;Rahier J. -F.;Raychaudhur S.;Regueiro M.;Rieder F.;Roberts R.;Russell R. K.;Sanderson J. D.;Sans M.;Satsangi J.;Schadt E. E.;Schreiber S.;Schumm L. P.;Scott R.;Seielstad M.;Sharma Y.;Silverberg M. S.;Simms L. A.;Skieceviciene J.;Spain S. L.;Steinhart A. H.;Stempak J. M.;Stronati L.;Sventoraityte J.;Targan S. R.;Taylor K. M.;Ter Velde A.;Theatre E.;Torkvist L.;Tremelling M.;Van Der Meulen A.;Van Sommeren S.;Vasiliauskas E.;Vermeire S.;Verspaget H. W.;Walters T.;Wwang K.;Wwang M. -H.;Wweersma R. K.;Wei Z.;Whiteman D.;Wijmenga C.;Wilson D. C.;Winkelmann J.;Xavier R. J.;Zeissig S.;Zhang B.;Zhang C. K.;Zhang H.;Zhang W.;Zhao H.;Zhao Z. Z.
2015-01-01
Abstract
Genome-wide association studies of the related chronic inflammatory bowel diseases (IBD) known as Crohn's disease and ulcerative colitis have shown strong evidence of association to the major histocompatibility complex (MHC). This region encodes a large number of immunological candidates, including the antigen-presenting classical human leukocyte antigen (HLA) molecules. Studies in IBD have indicated that multiple independent associations exist at HLA and non-HLA genes, but they have lacked the statistical power to define the architecture of association and causal alleles. To address this, we performed high-density SNP typing of the MHC in >32,000 individuals with IBD, implicating multiple HLA alleles, with a primary role for HLA-DRB1∗01:03 in both Crohn's disease and ulcerative colitis. Noteworthy differences were observed between these diseases, including a predominant role for class II HLA variants and heterozygous advantage observed in ulcerative colitis, suggesting an important role of the adaptive immune response in the colonic environment in the pathogenesis of IBD.
High-density mapping of the MHC identifies a shared role for HLA-DRB1∗01:03 in inflammatory bowel diseases and heterozygous advantage in ulcerative colitis / Goyette, P.; Boucher, G.; Mallon, D.; Ellinghaus, E.; Jostins, L.; Huang, H.; Ripke, S.; Gusareva, E. S.; Annese, V.; Hauser, S. L.; Oksenberg, J. R.; Thomsen, I.; Leslie, S.; Daly, M. J.; Van Steen, K.; Duerr, R. H.; Barrett, J. C.; Mcgovern, D. P. B.; Schumm, L. P.; Traherne, J. A.; Carrington, M. N.; Kosmoliaptsis, V.; Karlsen, T. H.; Franke, A.; Rioux, J. D.; Abraham, C.; Achkar, J. -P.; Ahmad, T.; Amininejad, L.; Ananthakrishnan, A. N.; Andersen, V.; Anderson, C. A.; Andrews, J. M.; Aumais, G.; Baidoo, L.; Baldassano, R. N.; Balschun, T.; Bampton, P. A.; Barclay, M.; Bayless, T. M.; Bethge, J.; Bis, J. C.; Bitton, A.; Brand, S.; Brant, S. R.; Buning, C.; Chew, A.; Cho, J. H.; Cleynen, I.; Cohain, A.; Croft, A.; D'Amato, M.; Danese, S.; De Jong, D.; De Vos, M.; Denapiene, G.; Denson, L. A.; Devaney, K. L.; Dewit, O.; D'Inca, R.; Dubinsky, M.; Edwards, C.; Ellinghaus, D.; Essers, J.; Ferguson, L. R.; Festen, E. A.; Fleshner, P.; Florin, T.; Franchimont, D.; Fransen, K.; Gearry, R.; Georges, M.; Gieger, C.; Glas, J.; Green, T.; Griffiths, A. M.; Guthery, S. L.; Hakonarson, H.; Halfvarson, J.; Hanigan, K.; Haritunians, T.; Hart, A.; Hawkey, C.; Hayward, N. K.; Hedl, M.; Henderson, P.; Hu, X.; Hui, K. Y.; Imielinski, M.; Ippoliti, A.; Jonaitis, L.; Kennedy, N. A.; Khan, M. A.; Kiudelis, G.; Kugathasan, S.; Kupcinskas, L.; Latiano, A.; Laukens, D.; Lawrance, I. C.; Lee, J. C.; Lees, C. W.; Leja, M.; Van Limbergen, J.; Lionetti, P.; Liu, J. Z.; Louis, E.; Mahy, G.; Mansfield, J.; Massey, D.; Mathew, C. G.; Milgrom, R.; Mitrovic, M.; Montgomery, G.; Mowat, C.; Newman, W.; Ng, A.; Ng, S. C.; Evelyn Ng, S. M.; Nikolaus, S.; Ning, K.; Nothen, M.; Oikonomou, I.; Palmieri, O.; Parkes, M.; Phillips, A.; Ponsioen, C. Y.; Potocnik, U.; Prescott, N. J.; Proctor, D. D.; Radford-Smith, G.; Rahier, J. -F.; Raychaudhur, S.; Regueiro, M.; Rieder, F.; Roberts, R.; Russell, R. K.; Sanderson, J. D.; Sans, M.; Satsangi, J.; Schadt, E. E.; Schreiber, S.; Schumm, L. P.; Scott, R.; Seielstad, M.; Sharma, Y.; Silverberg, M. S.; Simms, L. A.; Skieceviciene, J.; Spain, S. L.; Steinhart, A. H.; Stempak, J. M.; Stronati, L.; Sventoraityte, J.; Targan, S. R.; Taylor, K. M.; Ter Velde, A.; Theatre, E.; Torkvist, L.; Tremelling, M.; Van Der Meulen, A.; Van Sommeren, S.; Vasiliauskas, E.; Vermeire, S.; Verspaget, H. W.; Walters, T.; Wwang, K.; Wwang, M. -H.; Wweersma, R. K.; Wei, Z.; Whiteman, D.; Wijmenga, C.; Wilson, D. C.; Winkelmann, J.; Xavier, R. J.; Zeissig, S.; Zhang, B.; Zhang, C. K.; Zhang, H.; Zhang, W.; Zhao, H.; Zhao, Z. Z.. - In: NATURE GENETICS. - ISSN 1061-4036. - 47:2(2015), pp. 172-179. [10.1038/ng.3176]
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Goyette, P.; Boucher, G.; Mallon, D.; Ellinghaus, E.; Jostins, L.; Huang, H.; Ripke, S.; Gusareva, E. S.; Annese, V.; Hauser, S. L.; Oksenberg, J. R.;...espandi
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Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
